Dalam tempoh antara 1974 dan 1976, SBY memulakan kerjayanya dengan Dan Tonpan Yonif Linud 330 Kostrad. Kemudian pada tahun 1976, beliau belajar di Sekolah Bawaan Udara dan Renjer Tentera Amerika Syarikat, serta menyertai banyak lagi kursus untuk kemajuan diri. SBY ditugaskan untuk operasi-operasi di Timor-Timur pada tempoh 1979-1980 dan 1986-1988.

Dari 1989 ke 1993, beliau bertugas sebagai Pensyarah Seskoad Korspri Pangab, Dan Brigif Linud 17 Kujang 1 Kostrad (1993-1994, Asops Kodam Jaya (1994-1995) dan Danrem 072/Pamungkas Kodam IV/Diponegoro (1995) serta Ketua Pemerhati Tentera bagi Pengaman Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu (UNPF) di Bosnia-Herzegovina (1995-1996). Kelulusan SBY dari Kolej Pegawai Perintah dan Turus, Fort Leavenwort, Kansas, Amerika Syarikat, serta Saujana Sasteranya (MA) dari Universiti Webster Pengurusan (Management Webster University), Missouri, Amerika Syarikat juga membantu kerjayanya di Kasdam Jaya (1996), Pangdam II/Sriwijaya sekaligus Ketua Bakorstanasda, Ketua Fraksi ABRI MPR pada Sidang Istimewa MPR tahun 1998, dan Ketua Staf Wilayah (Kaster ABRI) dari 1998 ke 1999.

Pada tahun 1997, SBY diangkat sebagai Ketua Angkatan Bersenjata dan Staf Urusan Sosial dan Politik. Kerjaya tenteranya terhenti ketika beliau dilantik oleh Presiden Abdurrahman Wahid sebagai Menteri Pelombongan dan Tenaga pada 26 Oktober 1999, dan Menteri Penyelaras Politik, Sosial, dan Keamanan. Perlantikan itu terjadi sewaktu Presiden Abdurrahman berada di "hujung tanduk". SBY mundur daripada jawatan-jawatan tersebut pada 11 Mac 2004 sewaktu pimpinan pemerintahan dikendalikan oleh Presiden Megawati Sukarnoputri kerana dicalonkan oleh Parti Demokrat sebagai calon presiden.

SBY memperoleh kedoktorannya (PhD) dalam bidang Ekonomi Pertanian dari Institut Pertanian Bogor (IPB) pada 3 Oktober 2004. Pada 15 Disember 2005, beliau menerima doktor kehormat dalam bidang ilmu politik dari Universiti Thammasat Bangkok (Thailand). Dalam ucapannya sewaktu menerima anugerah tersebut, beliau menegaskan bahawa politik merupakan seni untuk perubahan dan transformasi dalam sebuah negara demokrasi yang damai. Beliau tidak yakin sepenuhnya bahawa politik adalah ilmu.[4][5]

Dalam Persidangan Istimewa Parliamen Rakyat pada akhir Julai 2001, SBY menjadi calon Naib Presiden. Walaupun tidak terpilih, nama SBY tetap bersinar. Dalam kabinet Megawati-Hamzah, SBY dilantik semula sebagai Menkopolkam, satu jawatan yang strategik. Semasa tempoh perjawatannya itu, SBY mengendalikan banyak kes yang harus diselesaikan, terutama kes-kes mengenai Aceh, Poso, dan Maluku. Beliau memainkan peranan yang besar dalam menentukan darurat tentera di Aceh dan Maluku. SBY juga memainkan peranan yang besar dalam perjanjian Malino untuk menyelesaikan pertikaian di Poso.[6] Dalam pilihan raya umum 2004, SBY menewaskan Megawati Sukarnoputri dan menjadi ketua negara Indonesia.